Posted by on 19 kwietnia 2018

Guzy stopnia I (gwiaździak pilocytowy) różnią się klinicznie i patologicznie, a zatem nie zostały uwzględnione. Opisano przypadki kontroli klinicznej glejaka Mayo Clinic, a także przypadki i kontrole z University of California, San Francisco (UCSF), Adult Glioma Study. 10,13 Łącznie 317 przypadków i 789 kontroli z W tym badaniu wykorzystano serię Mayo Clinic, a jako pierwszy zestaw replikacji użyto 351 przypadków i aż 4504 kontroli (w zależności od analizowanego SNP) z badania UCSF Adult Glioma.
Łącznie 153 glejaki stopnia IV i 266 glejaków stopnia II lub stopnia III z Atlasu genomu nowotworu (TCGA) można przypisać do jednej z pięciu grup cząsteczkowych, a zatem zostały użyte jako drugi zestaw replikacyjny w tym badaniu (tabela S1 w Dodatek dodatkowy, dostępny wraz z pełnym tekstem tego artykułu).
Dane z kontroli fazy z Mayo Genome Consortia zastosowano jako dane kontrolne dla analiz asocjacji SNP przypadków glejaka TCGA.18 Próbki fazy genomu Mayo Genome zawierały 6297 kontroli w trzech badaniach.
Metody statystyczne
Porównano wiek w chwili rozpoznania w pięciu grupach molekularnych, stosując estymaty kontrastu z analizy modelu wariancji. Zarówno nieskorygowane, jak i skorygowane krzywe Kaplana-Meiera zostały użyte do oszacowania całkowitego czasu przeżycia dla każdej z pięciu grup molekularnych stratyfikowanych według stopnia. Model stratyfikacji proporcjonalnego ryzyka Coxa (w zależności od stopnia) został wykorzystany do określenia, czy pięć grup molekularnych było związanych z całkowitym przeżywaniem pacjenta po dostosowaniu do płci, wieku przy diagnozie, typie histologicznym guza i stopniu złośliwości guza. Dla każdej grupy molekularnej zastosowano dodatkowy model logistyczno-regresyjny w celu oceny związku pomiędzy każdym SNP a stanem choroby, z genotypem zakodowanym jako 0, lub 2 kopie mniejszego allelu. Szczegółowe informacje dotyczące analizy statystycznej, a także dodatkowe informacje na temat trzech badań kliniczno-kontrolnych, cech klinicznych, cech patologicznych, markerów nowotworowych i genotypowania znajdują się w Dodatku Uzupełniającym.
Wyniki
Grupy molekularne
Ryc. 1. Częstość występowania grup molekularnych glejaka w próbce łączonej. Częstość występowania grup molekularnych w glejakach stopnia II lub III (gwiaździakach, mieszanych oligonukleotydach i oligodendrogliomach), stopniu IV (glejak wielopostaciowy) i klasach II przez IV połączony jest pokazany.
Ogólna częstość występowania mutacji promotora TERT, mutacji IDH i kodowania 1p / 19q była podobna w trzech zestawach danych (Mayo Clinic, UCSF Adult Glioma Study i TCGA) (ryc. S1 w Dodatkowym dodatku). Spośród ośmiu możliwych kombinacji opartych na obecności lub nieobecności trzech markerów nowotworowych, pięć (z których każda reprezentowała 4% lub więcej pełnego zestawu) mogłoby zostać użyte do sklasyfikowania większości z 1087 przypadków glejaka (Figura i Tabela S2A w dodatkowym dodatku): potrójnie dodatni (mutacje w TERT i IDH plus kodowanie 1p / 19q), mutacje zarówno w TERT i IDH, mutacja tylko w IDH, potrójnie ujemna i mutacja tylko w TERT. Częstość występowania tych pięciu grup była podobna w trzech zestawach danych (ryc. S2 w dodatku uzupełniającym). Spośród 6 glejaków stopnia II lub stopnia III w połączonym zestawie danych 29% było potrójnie pozytywnych, 5% miało mutacje zarówno w TERT, jak i IDH, 45% miało mutacje tylko w IDH, 7% było potrójnie ujemne, 10% miało mutacje tylko w TERT, a 5% miało inne kombinacje. Wśród 472 glejaków stopnia IV w połączonym zestawie danych, mniej niż 1% było potrójnie dodatnich, 2% miało mutacje zarówno w TERT, jak i IDH, 7% miało mutacje tylko w IDH, 17% było potrójnie ujemne, a 74% miało mutacje tylko w TERT. Tylko 28 (2,6%) glejaków nie mogło zostać przypisanych do żadnej z tych pięciu grup: 21 z nich (75%) to oligodendrogliomy lub mieszane oligoastrocyty z mutacjami IDH i kodowanie p / 19q (ale bez mutacji TERT).
Pięć grup molekularnych rozmieszczono we wszystkich typach histologicznych i stopniach glejaka (ryc. S3 i S4 w dodatku uzupełniającym). Jednak określone typy histologiczne występowały częściej w określonych grupach (tabela S2A w dodatkowym dodatku). Na przykład w połączonym zestawie danych, wszystkie oprócz trzech potrójnie pozytywnych glejaków były oligodendroglemi lub mieszanymi oligoastrocytoma. Grupa z mutacjami TERT i IDH oraz grupa z tylko mutacjami IDH zawierała dużą część gwiaździaków stopnia II lub III i mieszanych oligo-guzów. Chociaż 85% glejaków z tylko mutacjami TERT stanowiły glejaki stopnia IV, grupa ta zawierała również 32 z 119 (27%) gwiaździaków stopnia III i 7 z 74 (10%) gwiaździaków stopnia II
[hasła pokrewne: sprzątanie poznań, fotobudka, fotobudka wesele ]

Powiązane tematy z artykułem: fotobudka fotobudka wesele sprzątanie poznań

Posted by on 19 kwietnia 2018

Guzy stopnia I (gwiaździak pilocytowy) różnią się klinicznie i patologicznie, a zatem nie zostały uwzględnione. Opisano przypadki kontroli klinicznej glejaka Mayo Clinic, a także przypadki i kontrole z University of California, San Francisco (UCSF), Adult Glioma Study. 10,13 Łącznie 317 przypadków i 789 kontroli z W tym badaniu wykorzystano serię Mayo Clinic, a jako pierwszy zestaw replikacji użyto 351 przypadków i aż 4504 kontroli (w zależności od analizowanego SNP) z badania UCSF Adult Glioma.
Łącznie 153 glejaki stopnia IV i 266 glejaków stopnia II lub stopnia III z Atlasu genomu nowotworu (TCGA) można przypisać do jednej z pięciu grup cząsteczkowych, a zatem zostały użyte jako drugi zestaw replikacyjny w tym badaniu (tabela S1 w Dodatek dodatkowy, dostępny wraz z pełnym tekstem tego artykułu).
Dane z kontroli fazy z Mayo Genome Consortia zastosowano jako dane kontrolne dla analiz asocjacji SNP przypadków glejaka TCGA.18 Próbki fazy genomu Mayo Genome zawierały 6297 kontroli w trzech badaniach.
Metody statystyczne
Porównano wiek w chwili rozpoznania w pięciu grupach molekularnych, stosując estymaty kontrastu z analizy modelu wariancji. Zarówno nieskorygowane, jak i skorygowane krzywe Kaplana-Meiera zostały użyte do oszacowania całkowitego czasu przeżycia dla każdej z pięciu grup molekularnych stratyfikowanych według stopnia. Model stratyfikacji proporcjonalnego ryzyka Coxa (w zależności od stopnia) został wykorzystany do określenia, czy pięć grup molekularnych było związanych z całkowitym przeżywaniem pacjenta po dostosowaniu do płci, wieku przy diagnozie, typie histologicznym guza i stopniu złośliwości guza. Dla każdej grupy molekularnej zastosowano dodatkowy model logistyczno-regresyjny w celu oceny związku pomiędzy każdym SNP a stanem choroby, z genotypem zakodowanym jako 0, lub 2 kopie mniejszego allelu. Szczegółowe informacje dotyczące analizy statystycznej, a także dodatkowe informacje na temat trzech badań kliniczno-kontrolnych, cech klinicznych, cech patologicznych, markerów nowotworowych i genotypowania znajdują się w Dodatku Uzupełniającym.
Wyniki
Grupy molekularne
Ryc. 1. Częstość występowania grup molekularnych glejaka w próbce łączonej. Częstość występowania grup molekularnych w glejakach stopnia II lub III (gwiaździakach, mieszanych oligonukleotydach i oligodendrogliomach), stopniu IV (glejak wielopostaciowy) i klasach II przez IV połączony jest pokazany.
Ogólna częstość występowania mutacji promotora TERT, mutacji IDH i kodowania 1p / 19q była podobna w trzech zestawach danych (Mayo Clinic, UCSF Adult Glioma Study i TCGA) (ryc. S1 w Dodatkowym dodatku). Spośród ośmiu możliwych kombinacji opartych na obecności lub nieobecności trzech markerów nowotworowych, pięć (z których każda reprezentowała 4% lub więcej pełnego zestawu) mogłoby zostać użyte do sklasyfikowania większości z 1087 przypadków glejaka (Figura i Tabela S2A w dodatkowym dodatku): potrójnie dodatni (mutacje w TERT i IDH plus kodowanie 1p / 19q), mutacje zarówno w TERT i IDH, mutacja tylko w IDH, potrójnie ujemna i mutacja tylko w TERT. Częstość występowania tych pięciu grup była podobna w trzech zestawach danych (ryc. S2 w dodatku uzupełniającym). Spośród 6 glejaków stopnia II lub stopnia III w połączonym zestawie danych 29% było potrójnie pozytywnych, 5% miało mutacje zarówno w TERT, jak i IDH, 45% miało mutacje tylko w IDH, 7% było potrójnie ujemne, 10% miało mutacje tylko w TERT, a 5% miało inne kombinacje. Wśród 472 glejaków stopnia IV w połączonym zestawie danych, mniej niż 1% było potrójnie dodatnich, 2% miało mutacje zarówno w TERT, jak i IDH, 7% miało mutacje tylko w IDH, 17% było potrójnie ujemne, a 74% miało mutacje tylko w TERT. Tylko 28 (2,6%) glejaków nie mogło zostać przypisanych do żadnej z tych pięciu grup: 21 z nich (75%) to oligodendrogliomy lub mieszane oligoastrocyty z mutacjami IDH i kodowanie p / 19q (ale bez mutacji TERT).
Pięć grup molekularnych rozmieszczono we wszystkich typach histologicznych i stopniach glejaka (ryc. S3 i S4 w dodatku uzupełniającym). Jednak określone typy histologiczne występowały częściej w określonych grupach (tabela S2A w dodatkowym dodatku). Na przykład w połączonym zestawie danych, wszystkie oprócz trzech potrójnie pozytywnych glejaków były oligodendroglemi lub mieszanymi oligoastrocytoma. Grupa z mutacjami TERT i IDH oraz grupa z tylko mutacjami IDH zawierała dużą część gwiaździaków stopnia II lub III i mieszanych oligo-guzów. Chociaż 85% glejaków z tylko mutacjami TERT stanowiły glejaki stopnia IV, grupa ta zawierała również 32 z 119 (27%) gwiaździaków stopnia III i 7 z 74 (10%) gwiaździaków stopnia II
[hasła pokrewne: sprzątanie poznań, fotobudka, fotobudka wesele ]

Powiązane tematy z artykułem: fotobudka fotobudka wesele sprzątanie poznań